Mega Man Zero 3 est le plus récent ajout à la série populaire, où vous jouerez le rôle de Zero pour enquêter sur un accident de vaisseau spatial. Un vaisseau spatial s'est écrasé dans notre atmosphère, ce qui a entraîné l'émission d'énergie noire. Vous devez aider Zero à enquêter sur la question à l'aide de ses armes super cool, Z-Saber, Buster et Shield Boomerang. Une nouvelle arme a également été ajoutée, elle s'appelle Recoil Rod.
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