Mega Man Zero 3 es la última incorporación a la popular serie. En ella, asumirás el papel de Zero para investigar un accidente de nave espacial. Una nave espacial se ha estrellado en nuestra atmósfera, lo que ha provocado la emisión de energía oscura. Debes ayudar a Zero a investigar el asunto con la ayuda de sus increíbles armas: Z-Saber, Buster y Shield Boomerang. También se ha añadido una nueva arma: la Varilla de Retroceso.
